Mae egwyddor weithredol peiriant bar protein yn bennaf yn cynnwys prosesu deunydd crai, mowldio allwthio, oeri, torri a chotio. Yn gyntaf, mae deunyddiau crai fel protein soi, melysyddion, pigmentau a blasau ffrwythau yn cael eu cymysgu mewn cyfran benodol, ac ychwanegir swm priodol o ddŵr i droi a chymysgu i ffurfio cymysgedd sylfaenol unffurf. Yna, anfonir y gymysgedd at yr allwthiwr ar gyfer mowldio allwthio, sef cam proses graidd y peiriant bar protein. Yng ngheudod yr allwthiwr, mae'r deunyddiau crai yn cael eu hallwthio a'u cylchdroi i ffurfio siâp a gwasgedd y bar protein, gan sicrhau bod gan y cynnyrch terfynol flas da a sefydlogrwydd ansawdd.
Mae angen cadarnhau'r bar protein wedi'i ffurfio trwy dwnnel oeri i sicrhau bod y surop a sylweddau eraill y tu mewn yn cael eu cadarnhau'n llwyr ac yn darparu cadernid digonol. Yna caiff y bar protein wedi'i oeri ei dorri'n stribedi petryal taclus gan ddyfais dorri. Yn olaf, mae'r bar protein wedi'i dorri yn mynd trwy'r offer cotio, ac mae'r wyneb wedi'i orchuddio â haen o siocled neu orchudd arall i ffurfio'r cynnyrch terfynol.
